El planeta Kriptón se desestabiliza tras la extracción de minerales de su núcleo. Justo antes de la explosión, Jor-El, consejero jefe del consejo supremo de Kriptón, infunde el códice genético en su hijo pequeño, Kal-El, el primer niño kriptoniano nacido de forma natural en siglos. Jor-El logra enviar a Kal-El en una nave espacial hacia la Tierra antes de ser asesinado por el General Zod durante una sublevación. Kal-El aterriza en Kansas, donde es adoptado por Jonathan y Martha Kent y recibe el nombre de Clark. A medida que crece, desarrolla poderes sobrehumanos que Jonathan le insta a mantener ocultos, incluso rechazando la ayuda de Clark años después durante un tornado donde pierde la vida. Agobiado por la culpa por la muerte de Jonathan, Clark viaja por el mundo ocultándose bajo diversos alias en busca de un propósito en la vida.
La reportera del Daily Planet, Lois Lane, recibe la misión de investigar el descubrimiento de una nave exploradora kriptoniana en el Ártico canadiense. Clark entra en la nave disfrazado de trabajador y descubre, gracias a su inteligencia artificial (IA), inspirada en su padre Jor-El, que Clark fue enviado a la Tierra para guiar a su gente. Mientras lo sigue, Lois activa sin querer el sistema de seguridad de la nave, y él usa sus poderes para rescatarla de sus defensas. Viste un uniforme proporcionado por la IA de la nave y comienza a probar sus habilidades de vuelo. Incapaz de convencer al supervisor Perry White de publicar un artículo sobre el incidente, Lois busca a Clark en Smallville con la intención de desenmascararlo. Sin embargo, Lois abandona la historia al enterarse del sacrificio de Jonathan Kent, manteniendo a salvo la identidad de Clark, pero alimentando las sospechas de Perry.
Zod y su tripulación escapan de la Zona Fantasma, donde fueron encarcelados por traición por sus acciones contra Kriptón. Viajan a la Tierra para convertirla en un nuevo Kriptón, con varios dispositivos de terraformación rescatados de puestos avanzados kriptonianos. Tras la captura de Clark y Lois, el oficial científico de Zod, Jax-Ur, extrae los genes de Clark para crear colonos kriptonianos que construirán una sociedad basada en los ideales de pureza genética de Zod. Utilizando la IA de Jor-El para tomar el control de la nave, Clark y Lois huyen y advierten al ejército estadounidense del plan de Zod, lo que resulta en un enfrentamiento explosivo entre Clark y las tropas de Zod.
Zod despliega su dispositivo de terraformación más poderoso, el Motor Mundial, que daña gravemente Metrópolis y pone en peligro la existencia de la humanidad. Con el nombre en clave “Superman”, Clark destruye la plataforma de terraformación mientras el ejército lanza un ataque suicida, enviando a las tropas de Zod de vuelta a la Zona Fantasma. Con la nave destruida y la única esperanza de Kriptón de revivir perdida, Zod jura destruir la Tierra y sus habitantes en venganza. Los dos kriptonianos se enfrentan en una larga batalla por Metrópolis, que concluye cuando Clark se ve obligado a matar a Zod mientras este ataca a una familia en una estación de tren. Clark adopta el apodo de “Superman” y convence al gobierno para que le permita actuar con independencia, con la condición de que no se vuelva contra la humanidad. Para acceder de forma encubierta a situaciones peligrosas, acepta un trabajo bajo su identidad civil, Clark, como reportero independiente para el Daily Planet.
